Selçuklu Sultanı Alâeddin Keykubat, Karaman’dan Konya’ya gelen Sultan-ül Ulema Bahaeddin Veled ve Mevlâna’yı karşılayıp, büyük hürmet gösterirken, Osmanlı padişahları da sefere çıktıklarında Konya’dan geçerken dergâha uğrayıp, ihtiyaçlarını temin, onarım ve Hz. Pîr’in kabrini ziyarete özen göstermişler. II. Bayezid, tahta geçince Konya’ya gelerek şehrin doğusundaki Filabat Çayırı’nda otağını kurmuş ve sık sık Mevlâna Türbesi’ni ziyaret etmişti. Bayezid, Mevlâna Külliyesi’ni esaslı bir surette onarımdan geçirterek, yeşil kubbenin içini nakışlattırmış, külliyenin gelirlerini artırmak için vakıf köylerden birçoğuna vergi muafnâmesi vermişti. Konya valisi Şehzade Abdullah da babasının direktifi ile yumuşak bir siyaset takip ettiği için Konyalılar tarafından sevildi, ilim adamlarına hizmetleri karşılığı arazi verdi, vergi affı çıkardı. Abdullah’ın vefatından sonra yerine tayin edilen Şehzade Şehinşah da Konya’da çok sevildi, Konya’nın imarı için çok çalıştı, bol su getirmek isteyenlere yardım etti, Ertaş kapısı civarında bir mescid yaptırdı.
“Yavuz” lâkabıyla anılan II. Bayezid’in oğlu Sultan Selim de Mevlâna Dergâhı’na Dutlu mevkiinden su getirterek, dergâhın bahçesine şadırvan yaptırdı. Ayrıca; Şark, Arabistan ve Mısır seferleri sırasında gidip gelirken dergâha uğrayan Yavuz Selim, Mevlâna’nın Türbesi’ni ziyaret ederek, Mevlâna hanedanına karşı duyduğu derin saygıyı gösterdi. Kaynaklar, Mevlâna mâmuresine en büyük ilgiyi gösteren Yavuz Selim’in oğlu Kanuni Sultan Süleyman’ın da mamûreyi tamir ettirdiğini, bazı tesisler ve ilâveler yaptırdığını ortaya koyuyor. Bunların, Mevlâna’nın Türbesi’nin kuzey bitişiğinde bugünkü tek minareli mescid, semâhane ile derviş hücreleri, fırın, kiler, mutfak, postnişinler için ikâmetgâh ve sandukaların tamiri olduğu belirtiliyor. II. Selim’in dergâhın yanına Selimiye Camii ile imarethaneyi, III. Murad’ın dergâhı yıktırarak yenisini yaptırdığını, IV. Mehmed’in medrese inşa ettirdiğini, Abdülaziz’in de şadırvanı yeni tarzda ihya ettirdiğini öğreniyoruz. Böylece Osmanlı hükümdarları II. Bayezid’den itibaren Mevlâna mâmuresinin inşa, tamir ve ihyası ile meşgûl olarak Mevlâna’ya karşı saygılarını göstermiş bulunuyor.
İbrahim Hakkı Konyalı, Konya Tarihi’nde (sayfa 651) IV. Murad’ın miladî 1634 tarihinde Revan seferine giderken uğradığı Konya’da Mevlâna Türbesi’ni ziyaret ederek, postnişin Ferruh Çelebi zâde Ebubekir Çelebi’ye samur giydirip, hediyeler vererek iltifatta bulunduğunu belirterek, şunları ekliyor:
“Mevlâna Türbesi’nin yeşil çinili mahrutî kubbesi Abdülhalim Çelebi zâde II. Bostan Çelebi’nin postnişinliği zamanında şiddetli bir zelzelede tamamen yıkılmış, türbenin yalnız alt kısmı kalmıştı. Bostan Çelebi, kubbeyi kendi parasıyla yaptırmak istiyordu. Ancak, Sefine-i Mevleviyan’ın (Mevlevî hâl tercümeleri yazılı kitap) belirttiğine göre, yıkılan kubbenin bir hükümdar eseri olduğu ve bir hükümdar yapısının yine bir hükümdar tarafından yenilenmesi bir an’ane hâline geldiği için durum II. Sultan Mustafa’ya bildirilerek, müsaade istendi. Padişah, tamirin evvelki gibi kendisi tarafından yaptırılması için mimarbaşına emir verdi, fakat sadrazam Hüseyin Paşa, türbeyi tamir şerefinin kendisine verilmesini padişahtan istedi ve aldığı müsaade ile kubbeyi eski şekliyle yaptırmıştır”
Mevlâna mâmuresi II. Mahmud zamanında önemli şekilde tamir görerek, bazı yenilikler yapılmıştı. Yeşil kubbenin çinileri II. Mahmud zamanında Kütahya’da yaptırılan çinilerle değiştirilmiştir. II. Mahmud’un, mâmurenin kıble kapısı üstünde bir tuğrası bulunuyor. Dergâh, miladî 1889’da II. Abdülhamid ve 1918’de IV. Mehmed Reşat zamanlarında da tamir görmüş, çiniler yenilenmiş, eski çiniler sandıklara konularak muhafaza altına alınmış, ancak sonradan kaybolmuştur. Öte yandan, Sultan III. Murad’ın Revan seferine çıkarken uğradığı Konya’da Mevlâna’nın türbesini ziyaret ederek, cesedini görmek istediğiyle ilgili olarak bir söylentiden bahseden İbrahim Hakkı Konyalı, şunları yazıyor:
“Sultan Murad, Bağdat seferine giderken Mart 1635 tarihinde Konya’ya uğrayıp, Mevlâna dergâhı türbedarına ‘Evliyayı kiramın mübarek beden-i hayatta gibi tağayyür’den (bozulma, değişme) uzak kalır. Ben de Mevlâna’nın cesedini görmek isterim. Eğer çürümüş ise türbesini yıkacağım, derviş hücrelerini medrese odaları hâline getireceğim’ diyerek, Mevlâna’nın sandukasındaki kabartmaları ve nakışları seyretme bahanesiyle tesbih olan elini sandukanın bir yerine sokmuş, ancak kopan tesbih taneleri içeriye kaçmış. Sultan Murad, Ebubekir Çelebi’ye sandukayı açarak tesbih tanelerini çıkarmasını emretmiş, o da bu teklifi kabul etmediği için İstanbul Yenikapı’ya sürülmüş.
Padişah, aynı teklifi mesnevihan ve tarikatçı dervişlere yapmış, fakat onlar da imtina edince kendisi sandukaya el atıp, 2 parmak kadar kaldırınca kubbe-i hadra zelzeleye tutulmuş gibi sarsılmış. Sıva, tuğla ve çini parçaları üstüne yağmaya başlayınca korkan padişah, oradan uzaklaşmış, ancak tesbih tanelerinden de vazgeçmemiş. Nihayet sandukaya soktukları Mevlâna’nın torunlarından bir kız çocuğu büyük dedesinin cesedini görünce dehşet içinde kalarak dili tutulup, konuşamamış ve üç gün sonra da ölmüş”
Bu haberin uydurma ve söylentiden ibaret olduğunu kaydeden İbrahim Hakkı Konyalı, türbelerde cesedin sandukanın altında değil, bodrumdaki cenazelikte toprağa gömülü oluşunu buna en kuvvetli delil olarak gösteriyor.