Bir defasında evine kadar gelen Fatih Sultan Mehmed Han ile görüşmemiş, o da üzülerek geri dönüp gitmiştir. Sultan Fatih ile görüşmemesinden dolayı kendisi de üzülmüş, hatta gözlerinden iki damla yaş yanaklarına inmiş, yanındakilerin; “Efendim neden kabul etmediniz. Hem siz üzüldünüz, hem de padişah üzüldü” şeklindeki sözleri karşısında gözündeki yaşları silerek şöyle demiştir:
“Doğru söylersiniz. Fakat inanıyorum ki, benim ona olan sevgim ve onun bana olan ihtiyacı, bize asıl vazifemizi unutturacak kadar fazladır. Dostluğumuz sohbetimiz, birçok vatandaşın işinin yarım kalmasına sebep olacaktı. Sultanı neden kabul etmediğimi şimdi anladınız mı?
Şeyh Vefa hazretleri, İstanbul’da iken bir ara hacca gitmişti. Hacdan deniz yolu ile dönerken, bindiği gemi yolda Hıristiyan korsanları tarafından yağma edilip, kendisi de esir edilerek Rodos Adasında hapsedildi. Zamanın Karamanoğulları beyliğinin başında bulunan İbrahim Bey tarafından korsanlara para verilmek suretiyle esaretten kurtarılarak hürriyetine kavuşan Şeyh Vefa, İstanbul’a dönüşünde Vefa semtine yerleşerek vefatına kadar burada yaşayıp, insanlara doğru yolu göstermek, dinimizin emir ve yasaklarını bildirmekle meşgûl oldu.
Sultan II. Bayezid-i Velî de onu çok severdi. İlminin, yaşayışının hayranı idi. Kızını emirlerinden birisiyle evlendirirken, nikâhı teberrüken Vefa hazretlerinin kıymasını ve onun huzurunda olmasını istedi. Şeyh Vefa’ya hediye olarak kırkbin akçe göndererek durumu arzetti. Fakat Vefa hazretleri hediyeyi kabul etmeyerek; “Muhyiddîn Konevi efendifakirdir, bereketli bir zâttır, bu parayı ona verirsiniz. Onu getiriniz, nikâh işini o yapsın” buyurdu. Bunun üzerine o zâtı getirip, nikâhı kıydırdılar. Şeyh Vefa, vefat ettiğinde cenaze namazında Sultan Bayezid Han da hazır bulundu ve hatta eskiden beri olan hasret ateşini biraz olsun gidermek için kefenini açıp, yüzüne bakmak istedi. Bir rivayete göre, Ebü’l-Vefa’nın yüzünü sağ eliyle kapattığını gördü.
Bir bahar günü, Şeyh Vefa’ya “mevsim güzel, hava çok hoş. Allah’ın rahmet eserlerini görmeniz için dışarı çıkmanızı istirham ederiz” dediklerinde; “Bugün müsaade edin. Akşam, her zaman yediğimden bir lokma daha fazla yiyeyim de, dışarı çıkacak kuvvetim olsun” karşılığını verdi. “Şehirde şu kadar ağırlıktaki taşı kaldıran ve şu kadar ağır yük taşıyan birisi geldi” dediler. “Abdest ibriğini taşımak ondan zordur” diyerek, “Ağır taşı kaldırma ve ağır yük taşımada nefsin hazzı vardır. Bunun için nefse kolay gelir. Abdest ibriğini taşımakta ise, nefse muhalefet vardır. Bunun için nefse daha zor ve daha ağır gelir” yorumunu yaptı.
Şeyh Vefa hazretleri, miladî 1490 yılı Ramazan ayında Pazartesi günü vefat ederek, Vefa’da kendi adıyla anılan caminin sol tarafında defnedildi. Sonradan kabri üzerine II. Bayezid Han tarafından yeşil kubbeli bir türbe yaptırıldı. Türbenin dua ve niyaz penceresinde şu beyit okunmaktadır:
“Muktedây’ı ehl-i ma’nâ, Müslihuddîn Ebü’l-Vefa/A’yün-i uşşâka hâk-i merkadidir. Tûtiyâ”
Ma’nâsı şöyledir: Muslihuddîn Ebü’l-Vefa, ma’nâ ehlinin, evliyânın uyduğu kimsedir. Mezarının toprağı âşıkların gözlerine sürmedir.
Şeyh Vefa hazretlerinin eserleri şunlardır: 1-Makam-ı Sülûk: Tasavvufla ilgili olup, üçyüzdoksanaltı beyitlik manzûm eserdir. Tasavvufî, ahlâkî mevzuları şiir yoluyla anlatmıştır. 2-Şâz-ı irfan: Türkçe ve manzum bir eserdir. 3-Evrâd-ı Vefa: Beşyüzellialtı sahife olup, nesir bir eserdir. 4-Rûznâme-i Vefa: Bu eseri, Defterdar Ali Çelebi tarafından “Miftâh-ı rûznâme” adıyla açıklanmıştır. Şeyh Vefa şiirler de yazmıştır. Bir şiiri şöyledir:
Bâl-ü-berden geçmişim bir dâneyim/Yâneyim, ey şem-i rûşen yâneyim/Düşmişem ışkın odına tâ ezel/Kendi düşen ağlamaz, vardır mesel/Tâ ebed yanmak bana oldı mahal/Yâneyim, ey şems-i Rûşen yaneyim/Cümle uşşâka Vefa matluptur/Ehl-i aşk içre sa1âyı hûbdur/Çünki yanmak âdeti mahbûbdur/Yâneyim, eş şem-i Rûşen yâneyim.